Αυτή η υπηρεσία έχει σαν στόχο τη μείωση της πιθανότητας μόλυνσης ενός χώρου ή ενός μεταφορικού μέσου από κάποιο μολυσματικό αίτιο. Μπορεί να γίνει και κατασταλτικά αλλά το προτιμότερο και λιγότερο δαπανηρό είναι να προλαμβάνεται η μόλυνση πριν αυτή εξαπλωθεί σε κάποιο χώρο. Πραγματοποιείται με σύγχρονα μέσα τελευταίας τεχνολογίας, χρησιμοποιώντας σκευάσματα εγκεκριμένα από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων αλλά και από τον ΕΟΦ. Στα πεδία που βρίσκονται στον πρώτο βαθμό επικυνδινότητας ανήκουν σχολεία, νοσοκομεία, μέσα μαζικής μεταφοράς, γυμναστήρια, τουαλέτες, ξενοδοχεία, κλπ. Συνήθως η αιτία μόλυνσης ενός χώρου είναι σχετιζόμενη με κάποιο παράσιτο και για αυτό θα ήταν σωστό να μην βλέπουμε τη απολύμανση μεμονομένα σαν διαδικασία, αλλά σαν ένα κομμάτι μιας ολοκληρωμένης διαδικασίας υγειονομικής κάλυψης.